近未来、世界中の男性の99.9%が謎のウイルス「MKウイルス」によって死亡し、人類存続の危機に瀕していた。主人公·水原怜人は、そのウイルスの治療法を見つけるための鍵となる「耐性保持者」として、5年間冷凍睡眠されていた。目覚めた彼が直面したのは、男性が極めて貴重な存在となった世界だった。

怜人は、人類存続のため、複数の女性との間に子孫を残すことを求められる。しかし、彼は幼なじみで片思いの相手・神谷花蓮を忘れることができず、複雑な感情を抱えながらも新たな世界での役割を果たそうとする。一方、ウイルスの謎や世界の真相も少しずつ明らかになっていく。